La Contraloría Universitaria ejerce su acción sobre las actividades, procesos, sistemas y funciones que realizan todas las instancias institucionales; sin embargo, dada su naturaleza, no realiza funciones o actuaciones de control previo o rutinario que son responsabilidad y competencia exclusiva de la Administración Universitaria, excepto las necesarias para cumplir con sus propias funciones y administración de recursos asignados. Además, ejerce su gestión sobre otras entidades, entes u organizaciones públicas o privadas a los que la institución gire, traslade o transfiera fondos públicos por obligación o voluntad propia amparada en una autorización legal o aquellos que con ocasión de la legislación nacional estén facultados para custodiar o administrar fondos públicos.

Dicho ámbito de acción, en razón del principio constitucional de libertad de cátedra, no comprende el ejercicio propio de la acción sustantiva que la universidad realiza mediante la docencia, investigación, extensión, producción u otras formas que establezca la normativa institucional, lo cual compete a los órganos o el miembro del funcionariado universitario especializados que correspondan.