Son funciones de la Contraloría Universitaria:

1. Evaluar los controles y procedimientos administrativos, académicos-administrativos, financieros, contables y el aprovechamiento de los recursos humanos, materiales y económicos de la Universidad en la consecución de sus objetivos y metas.

2. Efectuar semestralmente auditorías o estudios especiales sobre fondos y actividades privadas, de acuerdo con los artículos 5 y 6 de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, en el tanto estos se originen en transferencias efectuadas por componentes de su competencia institucional.

3. Verificar el cumplimiento, la validez y la suficiencia del sistema de control interno de su competencia institucional, cuyo diseño, implementación y actualización es responsabilidad de la Administración, informar de ello y proponer las medidas correctivas que sean pertinentes.  

4. Verificar que la administración activa tome las medidas de control interno señaladas en el Estatuto Orgánico, la Ley General y las Normas Técnicas de Control Interno, reglamentación interna y demás normativa vigente aplicable, en los casos de desconcentración de competencias, o bien la contratación de servicios de apoyo con terceros; asimismo, examinar regularmente la operación efectiva de los controles críticos, en esas unidades desconcentradas o en la prestación de tales servicios.  

5. Asesorar, en materia de su competencia, al jerarca del cual depende; además, advertir a los órganos pasivos que fiscaliza sobre las posibles consecuencias de determinadas conductas o decisiones, cuando sean de su conocimiento.

6. Autorizar, mediante razón de apertura, los libros de actas que deban llevar los órganos sujetos a su competencia institucional y otros libros que, a criterio del Contralor Universitario, sean necesarios para el fortalecimiento del sistema de control interno.

7. Preparar los planes de trabajo, por lo menos de conformidad con los lineamientos que establece la Contraloría General de la República.

8. Elaborar un informe anual de la ejecución del plan de trabajo y del estado de las recomendaciones de la Contraloría Universitaria, de la Contraloría General de la República y de los despachos de contadores públicos; en los últimos dos casos, cuando sean de su conocimiento, sin perjuicio de que se elaboren informes y se presenten al jerarca cuando las circunstancias lo ameriten.

9. Mantener debidamente actualizado el Reglamento de Organización y Funciones de la Contraloría de la Universidad Nacional.

10. Las demás funciones que contemplen la normativa legal, reglamentaria y técnica aplicable, con las limitaciones que establece el artículo 34 de la Ley General de Control Interno.