La Contraloría Universitaria, de conformidad con el Estatuto Orgánico, es un órgano fiscalizador y asesor, que evalúa a posteriori en forma independiente y sistemática los procesos universitarios dentro del campo de su competencia, de acuerdo con la normativa vigente, como base para prestar un servicio constructivo y de protección a la Universidad Nacional. Desde el punto de vista funcional, es la actividad independiente, objetiva y asesora, que proporciona seguridad al ente u órgano, al ser creada para validar y mejorar sus operaciones.

Contribuye a que se alcancen los objetivos institucionales, mediante la práctica de un enfoque sistémico y profesional para evaluar y mejorar la efectividad de la administración del riesgo, del control y de los procesos de dirección en la Universidad. Proporciona a la ciudadanía una garantía razonable de que la actuación del jerarca y la del resto, de la administración se ejecuta conforme al marco legal y técnico y a las prácticas sanas.