La Contraloría Universitaria está dirigida por una Dirección General conformada por el Contralor que es el superior jerárquico y una Subcontralora que coadyuva en la función de dirección y en las operaciones técnicas. Para el desarrollo de sus funciones cuenta con tres áreas de apoyo:
1. Área de Auditoría Operacional: Le corresponde auditar las actividades administrativas relacionadas con la gestión académica, orientadas al cumplimiento de los objetivos y metas debidamente aprobadas por las instancias pertinentes, determinar la eficiencia, eficacia y economía de las actividades; así como de las operaciones complementarias o de apoyo a ésta que sean necesarias para cumplir con la misión de la Universidad.
Su propósito es contribuir a una mejor gestión de las actividades sustantivas de la Universidad, verificando que se desarrollen con apego a las disposiciones institucionales y de acuerdo con los principios y normas que rigen la materia.
2. Área de Auditoría Administrativa-Financiera: Le corresponde auditar las operaciones administrativas y financieras, evaluando el grado de cumplimiento de los objetivos y metas y la eficiencia, economía y eficacia con que se desarrollan; así como brindar servicios preventivos, según la normativa vigente.
Su propósito es contribuir a mejorar la gestión de las actividades administrativas y financieras de la Universidad y de las entidades u órganos sujetos a la competencia institucional, de conformidad con la normativa nacional, verificando que se desarrollen con apego a las disposiciones institucionales y a los principios y normas que rigen la materia.
3. Área de Auditoría de Tecnología y Sistemas Informáticos: Le corresponde auditar la tecnología y los sistemas de información computarizada institucionales en operación o en desarrollo y las actividades conexas necesarias para su operación, mantenimiento, evolución y control y de las entidades u órganos sujetos a la competencia institucional, evaluando el grado de cumplimiento de los objetivos y metas y la eficiencia, eficacia y economía con que se desarrollan las operaciones; así como brindar servicios preventivos, según la normativa vigente.
Su propósito es contribuir a mejorar la gestión de la tecnología y de los sistemas de información automatizados, verificando que se desarrollen con apego a las disposiciones institucionales y a los principios y normas que rigen la materia.
Dependencia Orgánica
Depende orgánicamente del Consejo Universitario, que es el máximo jerarca colegiado que orienta la política general universitaria, en materia académica y administrativa, pero goza de total independencia funcional y de criterio para decidir sobre su gestión técnica y se rige por lo que establece el Estatuto Orgánico, la Ley General de Control Interno, el Reglamento de Organización y Funciones de la Contraloría Universitaria, las disposiciones, normas políticas y directrices que emita la Contraloría General de la República y demás normativa aplicable.